בית הספר "צפית" הוקם בקיבוץ כפר מנחם על ידי תנועת "השומר הצעיר" בשנת 1955 (לפי מקורות אחדים בשנת 1957) ונקרא לראשונה בשם "מוסד כפר מנחם".
המוסד נקרא כך בשל היותו מוסד חינוכי. הוא החל כבית ילדים ופנימייה לילדי כפר מנחם. לאחר מכן הצטרפו הקיבוצים: רבדים, נגבה, נחשון וחצור בשנת 1971. הקיבוצים: גת, גלאון ובית ניר הצטרפו בשנת 1972, קיבוץ הראל בשנת 1977 וקיבוץ שדה יואב.
בשנת 1992 בית הספר נפתח למושבים ומועצות אזוריות לכיש ומטה יהודה. המייחד את בית הספר הוא החזון של בית הספר שעוסק בערכים ובצד החברתי. לפני מספר שנים תיכון "צפית" היה בעשירייה הראשונה בארץ במצוינות לא רק בציונים אלא בעיקר בערכים כמו יחס לתלמידים בכלל ולתלמידים חלשים בפרט. כך נכתב על בית הספר: "את העשירייה הראשונה סוגר "מקיף צפית" שבכפר מנחם, תיכון שבו הריח של ארץ ישראל הישנה עדיין נישא באוויר. לילדים שמגיעים לשם לא קוראים תלמידים. הם חניכים".
בבית הספר קראו לאווירה שהייתה בצפית: "רוח צפית" מתוך תחושה, שיש משהו אחר באווירה ששררה בבית הספר. בית ספר קטן ומשפחתי עם עשייה חברתית, חינוכית וערכית. בשנת 2024 זכה בית הספר בפרס החינוך המחוזי של המנהל לחינוך התיישבותי לשנת תשפ"ה. הפרס ניתן למוסדות החינוך שהתגייסו למשימה הלאומית בחזית החינוך הן בשמירה על חוסן רגשי ושגרת למידה רציפה ככל הניתן, והן בקליטת תלמידים וצוותים מפונים מהעוטף, בעיקר מניר עוז, ומהצפון. במסגרת ההתגייסות יצאו השכבות הבוגרות לעזרה בחקלאות ביישובים השונים.
לבית הספר "צפית" מספר מאפיינים מיוחדים כמו: לכיתות אין מספרים, והן לא מסודרות לפי רמות. לכיתות יש שמות. בשכבת ז' ובשכבת י' נבחרים נושאים כמו: הרים, עצים, פרחים וכו', ועל פיהם בוחרות הכיתות את שמותיהן. שם הכיתה מעניק לה את הצביון שלה ואת זהותה.
"כל שצריך להיות אדם" כותרת הספר של נמרוד אלוני, פסיפס שנבחר להיתלות על קיר הכניסה לבית הכיתות מס' 3. משפט זה בהחלט מצביע על רעיון מרכזי של בית הספר. בעבר בכל שבוע יצא עלון "דפי מידע", "צפיתיון", "עלון פרא ראש בקיר". בעלון השבועי כתבו תלמידי השכבות השונות על הנעשה בבית הספר, ראיונות עם מורים, עם תלמידים ועם אנשים מעניינים, פינות בישול ואפייה, סיכום תחרויות ספורט ועוד. העלון היה מאוד ייחודי לבית הספר ונתן הזדמנות לתלמידים רבים להביע את עמדתם. כך ניתן היה להכיר צדדים שונים של תלמידים, שלא היו מהבולטים בכיתות ביומיום.
בכל שנה נבחר "נושא משותף" על ידי תלמידי יא' ויב', והם הובילו את הסמינר בכיתות השונות. הנושא נבחר על פי העניין של התלמידים. המטרה הייתה להצמיח בני אדם, שלוקחים אחריות ומשנים דברים שמפריעים להם. התלמידים הבוגרים העבירו את הנושא בכיתות השונות ועוררו דיון פורה.
מאפיין נוסף של בית הספר הוא קיומן של שש מסיבות בשנה. כל מסיבה, מקושרת לחג או מאורע חברתי אחר. כל שכבה, החל מכיתה ט' אחראית על חג אותו היא מפיקה מא' ועד ת'; החל מבחירת בעלי תפקידים, נושא למסיבה, כתיבת תסריט למופע מרכזי שכולל בתוכו תכנים כמו בדיחות פנימיות ומסורות רבות שנים, כמו כן נבחרים שחקנים, תפאורנים ונגנים. ההכנות למסיבה ולמופע מקבלות מקום מרכזי הן מצד התלמידים והן מצד הצוות החינוכי ומחזקות את האחריות של התלמידים, עצמאותם, והלכידות השכבתית.
חברת הנעורים אף היא מאפיין ייחודי ל"צפית". חברת הנעורים פתוחה לתלמידי ט'-יב'. בעבר חברת הנעורים הייתה חמישה ימים בשבוע מכיתה ז' עד יב'. מחנכי הכיתות היוו מחנכים גם בחברת הנעורים בכל שבוע מורה ישן בבית הספר כדי להוות כתובת לחניכים בלילות. המורה היה עורך סיורים בלילה, יושב עם חניכים ודואג לכל מי שקשה לו. היום חברת הנעורים פועלת שלושה ימים בשבוע. המדריכים היום הם בוגרי "צפית" או בוגרי תנועות נוער. כל קבוצה חיה בבית שלה ולומדת לנהל חיים עצמאיים עם תוכן חינוכי, ערכי וחברתי. יש וועדות שונות, והחניכים יוצרים תרבות, ערבי במה, ערבי דיון ושיח ותחרויות ספורט.
בבית הספר פועל גם חדר אוכל. בעבר כל תלמידי בית הספר אכלו ארוחת צהרים חמה. כיום, האכילה בחדר האוכל הבית ספרי מתאפשרת על פי בחירת התלמיד. בבית הספר קיים מרכז למידה, המעניק עזרה לימודית, רגשית וחברתית תלמידים מחטיבת הביניים, שזקוקים לעידוד ולעזרה במקצועות השונים. המורים במרכז הלמידה מהווים כתובת חשובה מאוד לתלמידים, שבכיתה קצת יותר קשה להם בלמידה ומבחינה חברתית. זו פנינה חשובה מאוד, וניתן לראות זאת כאשר תלמידים, שהיו חלק ממרכז הלמידה, בהיותם בכיתות יא' ויב' באים לומר שלום למורות שלימדו אותם. פינה חמה וחשובה.
